綠證制度與碳市場是既對立又統一的。
對立性： 一是二者的出發點不同，綠證制度是以促進清潔能源利用為主要目的，解決的是能源結構調整問題；而碳市場是以二氧化碳減排為主要目的，解決的是溫室氣體排放的問題。
統一性：由于綠證制度和碳市場在我國皆處于初期建設階段，目前并沒有明確的政策對二者做出界定，目前我國的綠證和碳市場中的核證自愿減排量（CCER）項目是可以共同存在于市場當中的。綠證制度和碳市場從本質上來說都是通過市場化的手段來減排溫室氣體。總體來說，綠證制度在結合了可再生能源發電量占比的硬性要求之后，與碳市場的總體設計思路是類似的，二者皆以總量控制為目標，都是在一個設定好的總量目標之下，再繼續向下細化綠電指標或碳配額的分配。雖然二者目的不同，但實際上如果發電企業的清潔電力比重上升，是有助于碳減排的。
很多可再生能源項目，譬如風電，在生產端已經開發成CDM（清潔發展機制）或者CCER項目了，這部分減排量已經被拿走并出售了。這些項目同樣可以申請綠證，那么買走綠證的公司如果還要計算這部分減排量的話，就會造成重復計算。
目前碳市場的設計并沒有考慮綠證，如果以后碳市場運行規則中考慮綠證，那將是一個非常復雜的規則體系。一方面，如果未來兩種制度繼續同時存在、互不影響，那么非電力控排企業并沒有動力購買綠證，因為其電力消耗對應的碳排放并不能通過綠證抵消；而火電廠可以同時購入綠證和減排量分別完成可再生能源電力占比指標和碳排放履約的目標。另一方面，如果兩種制度不能共存以免發生重復計算的問題，那么屆時需要明確兩種制度的邊界，對其互斥性制定明確的限定規則，同時需要考慮避免新能源發電企業領取雙重補貼的問題；綠證制度和碳交易制度是符合我國目前改革方向的一種市場化的手段，也是推動全社會以總成本最小的方式實現能源轉型的最有效措施。實際上，可以通過界定交易邊界的方式化解重復計算的問題。新能源企業在面對綠證和CCER兩種產品二選一時，會結合產品價格、開發成本、市場接受度及成熟度、需求量、交易活躍性、機會成本等影響因素進行選擇。
任何一項重大政策起效，都會是一個不斷摸索和完善的過程，在復雜的市場環境下，也無法指望單一的政策能夠解決所有的問題。各類政策之間也不一定是互斥的，一項政策的推出不代表其他政策的必然退出。所以，未來新能源扶持政策的發展方向，可能必然還是各項政策的“組合拳”，特別是對存量項目，保持政策的穩定性也是必要的。