與通常的CDM項目規則相比，碳匯CDM項目規則在以下三個方面特別有別于常規CDM項目：

（1）非持久性問題。非持久性是指匯項目所產生的碳匯不能夠被永久固定，需要尋找一種辦法解決這一問題。這是碳匯項目有別于能源項目的最突出的特點，也是談判的核心問題之一。通過談判，提出了兩種解決非持久性的方案：簽發“tCER” (temporary CER即臨時CER)，或者簽發LCER (long-term CER即長期CER)。tCER和LCER的主要區別有以下3點：

一是有效期不同：tCER 的失效日期定為簽發tCER 所在承諾期的下一個承諾期期末；而LCER的失效日期定為項目碳計量期結束日期；如果項目碳計量期更新，則LCER的失效日也相應調整為最后一個碳計量期的結束時間；

二是計算應簽發碳信用額數量的方法不同：在tCER情況下，應簽發的tCER數值相當于自項目開始以來項目產生的經核實的溫室氣體人為匯凈清除量；據了解，在LCER 情況下：如果自前一次核查報告以來溫室氣體人為匯凈清除量增加，則申請簽發的LCER數量相當于自前一次核查以來項目產生的新增的經核實的溫室氣體人為匯凈清除量；如果自前一次核查報告以來溫室氣體人為匯凈清除量減少，則應向清潔發展機制執行理事會報告，說明自前一次核查以來項目發生了的溫室氣體人為匯凈清除量出現逆轉，同時，清潔發展機制執行理事會應據此采取相應的行動；

三是應被替換的條件不同：tCER只有在過期的情況下才應該被替換，并且可以用AAUs, CERs, ERUs, RMUs或者tCERs來替換；LCER在三種情況下應該被替換：過期、固碳發生了逆轉或者沒有按時提交核查報告，同時，LCER只能用AAUs, CERs, ERUs或者RMUs替換。

（2）項目碳計量期。碳計量期的長短影響項目產生碳匯的數量，因此發達國家強調應設立較長的碳計量期以保證長期的環境效果，一些國家提出的期限甚至長達100年以上，一些南美國家為了增加碳匯項目的吸引力也支持較長的碳計量期。但是，因為計量期的長短也與發展中國家的領土主權問題相關，因此，相當多的發展中國家包括中國、巴西提出要求設定較短的碳計量期。目前的規則決定設立兩種項目碳計量期方案：第一種方案是最長為20年，最多可更新2次，同時每次更新時應由經營實體核實原項目基準線是否仍然有效；或者已經根據新的數據進行了更新，并將核實報告報清潔發展機制執行理事會；第二種方案是最長為30年，在項目執行期間，項目基準線不變。

（3）小型碳匯項目。是否為碳匯CDM匯項目設立可采用簡化程序的小項目以及如何定義小項目，一直是碳匯CDM項目談判的焦點問題之一。經過多次長時間的談判，最終形成的碳匯CDM小項目定義為：“清潔發展機制之下的小規模造林或再造林項目活動”是指“預計每年形成溫室氣體人為匯凈清除量少于8千噸CO2的項目活動，并且這些項目活動是由符合東道國所規定的低收入標準的社區或個人進行開發或實施的；如果清潔發展機制之下的某個小規模造林或再造林項目活動每年形成溫室氣體人為匯凈清除量大于8 千噸CO2，則超出的清除量不得作為tCER 或LCER 發放”。同時，會議還決定邀請各締約方于2004年2月28日以前向秘書處提交關于清潔發展機制之下小規模造林和再造林項目活動簡化模式和程序的意見；請各締約方于2004年2月28日以前向秘書處提交關于如何促進執行清潔發展機制之下小規模造林和再造林項目活動簡化模式和程序的意見；氣候變化公約秘書處將根據各方提交的意見和執行理事會的有關工作，編制一份關于清潔發展機制之下小規模造林和再造林項目活動簡化模式和程序的技術文件，在2004年6月的氣候公約附屬科技咨詢機構會議上進行審議；附屬科技咨詢機構應在2004年12月召開的氣候變化公約締約方會議第十次會議上，提交關于清潔發展機制之下小規模造林和再造林項目活動的簡化模式和程序的決定草案，以及提交關于促進執行清潔發展機制之下小規模造林和再造林項目活動措施的決定草案，供締約方會議審議通過。