《中華人民共和國自然保護區條例》規定：自然保護區分為核心區、緩沖區和實驗區。核心區禁止任何單位和個人進入;核心區外圍可以劃定一定面積的緩沖區，只準進入從事科學研究觀測活動;緩沖區外圍劃為實驗區，可以進入從事科學試驗、教學實習、參觀考察、旅游以及馴化(繁殖)珍稀(瀕危)野生動植物等活動。

既然如此，為什么有的小水電站會位于自然保護區的緩沖區甚至核心區呢?是因為小水電站業主們罔顧法律嗎?當然不是，大多數情況是，電站建好以后，自然保護區才設立。還有一種情況是，由于過去資源開發理念落后、政策寬松，部分小水電站確實是在《中華人民共和國自然保護區條例》頒布實施后開工建設的。

隨著國家生態文明建設的不斷推進，位于自然保護區的小水電站顯得無處安放。近年來，安徽岳西、甘肅祁連山、湖南壺瓶山等地紛紛出臺整治方案，但具體如何處理，爭議尚存。

不過有一點是明確的，那就是要進行分類處理，不能一概而論。《四川省自然保護區小水電問題整改工作方案》就提出，“堅持實事求是，因案施策，兼顧難易程度，輕重緩急，突出工作重點，分類處置，該關停的堅決關停，該退出的堅決退出，該整改的堅決整改到位”，并在“分類分階段推進整改”下分出“在國家級、省級自然保護區核心區和緩沖區內的項目”、“在國家級、省級自然保護區實驗區內的項目”和“在省級以下自然保護區內的項目”三點，且每一點下又再細分，真正做到“因案施策，分類處置”。

還有一點也是十分明確的，那就是，違法建設項目，一律拆除并實施生態修復。《長江經濟帶小水電無序開發環境影響評價管理專項清理整頓工作方案》就明確提出，“位于自然保護區核心區或緩沖區，且是《中華人民共和國自然保護區條例》1994年頒布實施后開工建設的”一律拆除。但一些地方，行政亂作為，執法粗暴，是值得注意的。

所以，爭議主要集中在如何處理《中華人民共和國自然保護區條例》頒布實施前開工建設的項目和違規審批的項目。

在自然保護區設立之前已存在的合法項目，《四川省自然保護區小水電問題整改工作方案》提出，“應由地方政府根據電站建設及運行情況，一站一策，逐一制定補償和退出方案，在保證投資人合法權益的前提下，完成大部分拆除，并實施生態修復”。貴州省民營水電行業商會會長葉行地也指出，“應按法律的程序，采用平等協商的手段，依法按市場經濟規律予以解決”。

對于違規審批的項目，爭議主要在于，這些項目是否具有事實上的合法性。《四川省自然保護區小水電問題整改工作方案》提出，對于違規審批的項目，要進行評估和復核，未通過復核的，制定補償和拆除方案。葉行地卻有不同看法，他認為，多年來，這些小水電站一直由各級政府和各級部門管理著，年年納入上網電量計劃、處處符合管理部門的規范要求、時時交納國家稅收等等，是已經由當地政府和部門長期認可了的事實上合法的水電站。國際小水電中心歐傳奇則指出，這是由于“歷史上重建輕管、法律制度配套不夠、管理不到位、技術要求不盡明確”造成的，“應本著有問題解決問題的態度，給小水電改進和變綠的時間，避免過度調節”。

事實上，不管是位于自然保護區，還是位于經濟開發區，小水電都應該切實解決自身存在的問題，努力改進和變綠，如此，不論位于哪里都不會顯得無處安放。