盡管小水電是國際公認的清潔能源，但有的地方近來卻對其加以限制甚至叫停。質疑者認為，“小水電開發截斷河流，與民爭水，破壞生態”。對此，專家認為要客觀看待小水電，不能因少部分小水電的生態影響而否定其整體歷史貢獻，更不能錯誤地將小水電定性為生態禍害，關鍵是要對小水電科學規劃和管理。

　　小水電是重要的民生水利基礎設施和清潔能源。我國已建成的小水電在解決無電缺電地區人口用電，促進江河治理、生態改善、經濟發展等方面作出了重要貢獻。據水利部統計，通過開發小水電站，全國初步治理了數千條中小河流，形成水庫庫容2800多億立方米，有效灌溉面積上億畝。小水電代燃料項目實施以來，全國解決了400萬農民的生活燃料，每年可減少薪柴消耗670萬立方米，保護森林1400萬畝。“十二五”期間，農村小水電累計發電量超過1萬億千瓦時，相當于節約3.2億噸標準煤。

　　同時，也要看到，社會關注小水電的生態影響，主要集中在河段減脫水、魚類保護、水土保持等方面。究其原因，在于受過去開發理念、技術和資金等制約，一些流域電站布局不合理，梯級電站之間的流量不匹配，有些早期建設的引水式電站，沒有設計最小泄放流量，影響了河流生態和下游用水。一些地區小水電規劃、設計、建設、運行和管理等還存在薄弱環節，以綠色發展為導向的約束機制有待進一步建立。

　　目前，全國小水電開發率為59.2%，低于發達國家80%左右的水平。尤其是西部貧困地區，小水電開發率僅為48%，潛力還很大。像瑞士、法國等歐洲國家，小水電開發率達97%，也并沒有限制開發。從技術水平看，我國小水電技術成熟，勘測、施工和設備制造都達到了國際領先水平。從能源回報看，小水電投入產出比相對較高，發電量是風電的1.5倍。可見，小水電本身稟賦沒問題，其負面影響是一些地方無序開發、管理粗放造成的，根源在于制度不健全。

　　應當說，任何人類活動對生態環境都有影響，不只是小水電，風電、光伏也不例外，關鍵是如何權衡利弊。只要統籌好發電和生態的關系，小水電對局部水環境的不利影響可降至最低。通過科學規劃、合理管理，上述問題可以有效遏制。新時期小水電要健康發展，實現綠色轉型。從強調水能資源的充分利用，轉變為有限、有序開發水能；從強調發電功能轉變為更加重視發揮生態功能和綜合效益。

　　為此，要樹立小水電規劃的生態紅線意識。過去小水電工程大多以發電為主，現在不僅要發電、灌溉、供水，還要滿足生態和景觀用水需求。因此，對國家級自然保護區及其他具有特殊保護價值的地區，原則上禁止開發小水電；在生態脆弱地區和生態保護區，嚴格限制新建小水電。同時，應實施水電能源發展的綠色低碳戰略，從高速增長向高質量發展轉變。通過電站優化運行、流域梯級協作等方式，最大限度發揮水資源整體效益；按照“誰開發誰保護、誰受益誰補償”的原則，盡快建立電價的生態補償機制。