水利部門的改革，是職能調整比較頻繁的，單從9月份水利部的“三定方案”來看，水利部的職能是負責保障水資源的合理開發利用，負責生活生產經營和生態環境用水的和保障，負責節水、水資源保護、水利設施建設、農村水利水電工作和水事協調、水政監察、水政執法工作。(水資源管理工作幾經周折，算是保留在了水利部門。)在此次機構改革之前，水利部門就一再瘦身，漁業、海洋水產等職能相繼被劃出去，供排水改制為企業經營。

此次改革中，又將農田水利劃歸農業農村部，防汛抗旱劃歸應急管理部，水資源調查登記劃歸自然資源部，編制水功能區劃拍、排污口設置管理、流域水環境保護劃歸生態環境部，風景名勝區劃歸國家林草局。同時，將三峽工程建設委員會及其辦公室、南水北調工程建設委員會及其辦公室并入劃歸水利部，與新設的調水管理司配合開展工作，水利部下設司局也由原來的17個增加到22個。

目前，省級黨政機構改革方案已經有29個省市自治區獲批執行，水利廳的設置與職能和部委保持一致。市縣水利部門，也會根據省廳職能進行設置。縣一級水利局是行政部門，下設好幾個二級事業單位，包括水政監察大隊、水利建設管理所、水庫管理所、抗旱防汛服務隊、水質檢測中心、水利工程質檢安監站等。

新一輪黨政機構改革和事業單位分類改革中，抗旱防汛職能劃轉到應急管理部門，相應抗旱防汛服務隊撤銷;行政類職能劃歸水利局機關承擔，水利工程質檢安監站撤銷;行政執法職能實行綜合改革，水政監察大隊撤銷。機構撤銷后，按照“編隨事走、人隨編走”的原則，行政執法人編統一整合到綜合執法中心，但是抗旱防汛、質檢安監事業人員卻很難隨職能劃轉到行政機關，主要原因是行政編制短缺，不能提供足夠的行政編制進行置換，機關也不允許存在事業編制，出現混編現象。

職能劃轉后，水利局機關保留的水利建設、節水用水保障以及增加的水事協調等公益服務職能及機構暫時保留，將按照機構精簡原則，統一整合成立水利綜合服務中心，或者參與縣區事業單位改革，按職能跨領域整合。因此，原來承擔抗旱防汛和質檢安監職能的人員，只能和水利建設、節水用水保障、水事協調等職能的人員一起，保留在事業單位，隨職能進行整合。水質檢測中心的職能屬于公益二類，和各水庫管理一樣，剝離公益服務職能，改企經營，正式職工分流，合同制人員隨企改制。

鄉鎮機構改革，隨縣局進行職能轉換，各鄉鎮水利工作站繼續保留，受鄉鎮與縣水利局雙重管理。鄉鎮的水利灌區也是公益二類事業單位或者自收自支，公益服務職能合并到水利站，然后改企經營，正式職工分流到水利工作站，或者鄉鎮其他事業單位，合同制員工隨企改制。